本发明提供了金针菇蛋白聚糖及其双波长筛选方法和应用,涉及生物医药技术领域。本发明通过水提将金针菇中的多糖、蛋白聚糖和游离蛋白等组分提取出来,通过除蛋白将游离蛋白去除,通过醇沉将多糖和蛋白聚糖分离出来,以水为洗脱剂,通过琼脂糖凝胶FF离子交换色谱柱分离和G‑200葡聚糖凝胶色谱柱分离,并采用双波长检测,收集480nm和295nm双波长下同时具有吸收峰的洗脱液,使得同时具有蛋白结构和多糖结构的组分—金针菇蛋白多糖被保留下来,所得金针菇蛋白聚糖的纯度高,收率高,具有抗肝癌活性,在制备抗肝癌药物以及功能食品方面具有很好的应用前景。