| 机构名称 | 挂靠单位 |
| 南京财经大学企业发展战略研究所 | 工商管理学院 |
| 南京财经大学江苏产业发展研究院 | 国际经贸学院 |
| 南京财经大学政府管理研究中心 | 公共管理学院 |
| 南京财经大学旅游产业发展研究院 | 工商管理学院 |
| 南京财经大学马克思主义研究院 | 马克思主义学院 |
| 南京财经大学国家优质粮食工程（南京）技术创新中心 | 粮食和物资学院 |
| 南京财经大学比较法研究研 | 法学院 |
| 南京财经大学紫金文化企业研究中心 | 营销与物流管理学院 |
| 南京财经大学粮油食品质量检测中心（校级） | 食品科学与工程学院 |
| 南京财经大学当代中国散文诗创作与研究中心 | 新闻与文化传播学院 |
| 南京财经大学粮食安全治理协同创新中心暨南京财经大学中国粮食文化研究院 | 粮食和物资学院 |
| 南京财经大学食品营养与人类健康前沿交叉研究院 | 食品科学与工程学院 |
| 南京财经大学气候与环境治理研究中心 | 经济学院 |
