| 机构名称 | 所在单位 |
| 南京财经大学改革发展与治理现代化研究所（原“区域经济研究中心”） | 经济学院 |
| 南京财经大学农业农村现代化研究院（原“人口资源环境研究所”） | 经济学院 |
| 南京财经大学绿色经济发展研究院 | 经济学院 |
| 南京财经大学财务大数据研究院 | 会计学院 |
| 南京财经大学劳动财务治理研究院（原“公司治理研究中心”） | 会计学院 |
| 南京财经大学财务与会计研究院 | 会计学院 |
| 南京财经大学财务与可持续发展研究院（原“财会信息技术研究所”） | 会计学院 |
| 南京财经大学审计研究院 | 会计学院 |
南京财经大学财智科技研究所
| 会计学院 |
| 南京财经大学服务质量研究院 | 工商管理学院 |
| 南京财经大学区域人才战略研究院 | 工商管理学院 |
| 南京财经大学案例开发与研究中心（原“旅游发展研究中心”） | 工商管理学院 |
| 南京财经大学创新创业研究中心（原“创新创业与战略研究中心”） | 工商管理学院 |
| 南京财经大学长江与大运河文化研究院 | 工商管理学院 |
| 南京财经大学土地与城乡发展研究中心 | 公共管理学院 |
| 南京财经大学企业文化与党建研究中心 | 马克思主义学院 |
| 南京财经大学金融法律与政策研究所 | 法学院 |
| 南京财经大学财经法研究中心 | 法学院 |
| 南京财经大学外国语学院翻译研究所 | 外国语学院 |
| 南京财经大学中国书画艺术研究所 | 艺术设计学院 |
| 南京财经大学CI设计研究中心 | 艺术设计学院 |
| 南京财经大学质量管理与科技创新研究中心 | 管理科学与工程学院 |
| 南京财经大学卓越质量研究院 | 管理科学与工程学院 |
| 南京财经大学数字经济与技术应用中心（原“金融数学研究所”） | 应用数学学院 |
