| 机构名称 | 批复单位 | 批复年份 | 挂靠单位 |
| 江苏省粮油品质与安全控制公共技术服务中心 | 江苏省科技厅 | 2009 | 食品科学与工程学院 |
| 江苏省商务软件工程技术研究中心 | 江苏省科技厅 | 2009 | 信息工程学院 |
| 粮食安全与战略研究中心 | 江苏省教育厅 | 2009 | 粮食和物资学院 |
| 江苏现代服务业研究院 | 江苏省发展和改革委 | 2010 | 国际经贸学院 |
| 公共财政研究中心 | 江苏省教育厅 | 2010 | 财政与税务学院 |
| 江苏省统计科学研究基地 | 江苏省统计局、江苏省统计学会 | 2010 | 经济学院 |
| 江苏现代服务业研究基地 | 江苏省社科联 | 2011 | 国际经贸学院 |
| 现代服务业协同创新中心 | 江苏省人民政府办公厅 | 2013 | 国际经贸学院 |
| 江苏省粮食物联网工程技术研究中心 | 江苏省科技厅 | 2013 | 信息工程学院 |
| 现代粮食流通与安全协同创新中心 | 江苏省人民政府办公厅 | 2014 | 食品科学与工程学院 |
| 中小企业电子商务公共技术服务平台 | 江苏省经信委、省财政厅 | 2014 | 信息工程学院 |
| 江苏苏商研究院 | 江苏省教育厅 | 2015 | 国际经贸学院 |
| 江苏省中国特色社会主义理论体系研究中心 南京财经大学基地 | 江苏省委宣传部理论处 | 2015 | 马克思主义学院 |
| 现代服务业智库 | 江苏省委宣传部 | 2016 | 国际经贸学院 |
| 江苏现代财税治理协同创新中心 | 江苏省财政厅 | 2017 | 江苏现代财税治理协同创新中心办公室 |
| 江苏社会保障研究院 | 江苏省教育厅 | 2018 | 公共管理学院 |
| 江苏省商务大数据工程研究中心 | 江苏省发展和改革委 | 2019 | 信息工程学院 |
| 江苏省科协“科技创新智库基地” （南京财经大学科学技术协会） | 江苏省科协 | 2019 | 国际经贸学院 |
| 南京财经大学动漫艺术研究所 | 江苏省科协 | 2019 | 艺术设计学院 |
| 江苏省企业高质量发展研究院 | 江苏省教育厅 | 2020 | 工商管理学院 |
| 江苏省粮食储运与营养健康工程研究中心 | 江苏省发展和改革委 | 2021 | 食品科学与工程学院 |
| 粮食流通与安全国际合作联合实验室 | 江苏省教育厅 | 2021 | 食品科学与工程学院 |
| 江苏省统一战线理论研究南京财经大学基地 | 江苏省委统战部、省委教育工委 | 2022 | 经济学院 |
| 江苏省习近平新时代中国特色社会主义思想研究中心首批理论研究基地（南京财经大学） | 江苏省习近平新时代中国特色社会主义思想研究中心 | 2022 | 马克思主义学院 |
| 江苏省食用菌保鲜与深加工工程研究中心 | 江苏省发展和改革委 | 2022 | 食品科学与工程学院 |
| 江苏省电子商务交易技术工程研究中心 | 江苏省发展和改革委 | 2022 | 信息工程学院 |
| 物流与供应链国际合作联合实验室 | 江苏省教育厅 | 2022 | 营销与物流管理学院 |
| 乡村振兴与文化创意设计创新科普基地 | 江苏省科协、省社科联、省科技厅、省教育厅 | 2022 | 艺术设计学院 |
| 江苏现代财税治理研究院 | 江苏省委宣传部 | 2023 | 江苏现代财税治理协同创新中心办公室 |
| 江苏粮食安全治理研究基地 | 江苏省社科联 | 2023 | 粮食和物资学院 |
| 江苏省新污染物识别检测与食品安全 工程研究中心 | 江苏省发展和改革委 | 2024 | 食品科学与工程学院 |
| 旅游数智决策与创新管理省高校重点实验室（南京财经大学） | 江苏省教育厅 | 2024 | 工商管理学院 |
| 智慧物流与供应链省高校重点实验室 （南京财经大学） | 江苏省教育厅 | 2024 | 营销与物流管理学院 |
| 粮食质量安全与营养健康国家级重点实验室培育建设点（南京财经大学） | 江苏省教育厅 | 2024 | 食品科学与工程学院 |
| 粮食大数据挖掘与应用省高校重点实验室（南京财经大学） | 江苏省教育厅 | 2024 | 信息工程学院 |
| 食品加工与质量控制省高校重点实验室（南京财经大学） | 江苏省教育厅 | 2024 | 管理科学与工程学院 |
