| 机构名称 | 批复单位 | 批复年份 | 挂靠单位 |
| 粮食经济研究院 | 原商业部 | 1988 | 粮食和物资学院 |
| 国家粮食局粮油质量检测工程技术研究中心 | 原国家粮食局 | 2004 | 食品科学与工程学院 |
| 食品中农药残留检测方法国家标准首批验证单位（南京财经大学粮油食品质量检测中心） | 农业农村部办公厅 | 2013 | 食品科学与工程学院 |
| 全国普通高校中华优秀传统文化传承基地（篆刻） | 教育部办公厅 | 2019 | 艺术教育中心 |
| 国家粮食产后服务技术创新中心 | 国家粮食和物资储备局 | 2019 | 粮食和物资学院 |
| 全国名特优农产品营养品质评价鉴定机构 （南京财经大学食品科学与工程学院） | 农业农村部农产品质量安全中心 | 2019 | 食品科学与工程学院 |
| 全国农产品质量安全与营养健康科普基地 （南京财经大学食品科学与工程学院） | 农业农村部农产品质量安全中心 | 2019 | 食品科学与工程学院 |
| 国家粮食大数据采集与应用技术创新中心 | 国家粮食和物资储备局 | 2020 | 信息工程学院 |
| 全国粮食安全宣传教育基地 (南京财经大学) | 国家粮食和物资储备局、农业农村部、教育部、科技部、全国妇联 | 2020 | 粮食和物资学院 |
| 粮油国际标准研究中心（粮油食品质量检测） | 国家粮食和物资储备局办公室 | 2022 | 食品科学与工程学院 |
| 国家粮油标准研究验证测试中心 （南京财经大学） | 国家粮食和物资储备局 | 2024 | 食品科学与工程学院 |
